1、性梳不同：性梳是雄果蝇的第二性征，雄果蝇的第一对前足的第一个跗节上，因形状与梳头的梳子非常相似，又与性别有关而得名。雌果蝇没有这个结构。

2、外形特征不同：雄果蝇个体较小，腹部3条纹（腹片4片），最后一条极宽，并延伸到腹面，呈一明显黑斑，腹部末端圆钝，颜色深，有交尾器。雌果蝇个体较大，腹部5条纹（腹片6片），腹部末端尖，颜色浅，有产卵管。