窑鸡和叫花鸡的区别是菜系不同、做法不同。窑鸡是粤菜，是一种流传于深圳、惠州、广西等一带的客家美味菜肴，而叫花鸡是苏菜，是江苏常熟一带地区的传统美食；另外，窑鸡是陕北人从窑洞里烧制而成，叫花鸡则是用荷叶将鸡包裹起来再放到火堆上烧制而成。