菌肥在按照说明书正确的使用下，就不会造成烧苗，但市面上菌肥产品质量参差不齐，如果是使用了成分较差的菌肥，就会造成烧苗，需谨慎购买。菌肥一般可以在翻地、蘸盘、定植、苗期这几个阶段使用，可以与腐熟的农家肥一起施用，能提高肥料的利用率。