交通运输综合执法大队的职能是：1、负责全县道路和水路运输及航道行政处罚、行政强制执法监督管理工作；2、承担道路交通和水上交通安全监管责任；3、负责水上交通管制，船舶及相关水上设施的检验并登记和防止污染、水上消防、航行保障、应急救助、通信导航、危险品运输监督管理工作；4、负责辖区内的水路运输行业、港口行业管理、水运统计、水运科研、水运人才的培训和生产经验交流、总结、推广工作；5、负责编报辖区内水运行业发展规划、计划和可行性前期工作的审查工作；6、负责辖区内航道及其港航基础设施的管理、养护和建设。