1、枝叶遮光：木瓜树的树形高大，枝叶繁茂，叶子较大，自身接触的光照不足，并且也会遮挡较多的光照，影响室内采光。

2、占据空间：木瓜树高大粗壮，会占据较多的空间。

3、难以清理：成熟的果实，如果没有及时采收，掉落在地面上，很难清理。

4、招引蚊虫：木瓜树易吸引来蚧壳虫。蚧壳虫终生寄居在枝叶或果实上，造成叶片发黄、枝梢枯萎、树势衰退，且易诱发煤污病。