两者的不同点：

(1)当课税对象的额度大于起征点和免征额时，采用起征点制度的要对课税对象的全部数额征税;采用免征额制度的仅对课税对象超过免征额部分征税。

(2)两者的侧重点不同，前者照顾的是低收入者，后者则是对所有纳税人的照顾。