1、地理位置不同：黄冈站，位于湖北省黄冈市黄州区路口大道；黄冈东站，位于黄冈市黄州区新华路。

2、运行客车班次不同：黄冈站动车班次有2个班次，城际班次有20个班次；黄冈东站高铁班次有3个班次，动车班次有3个班次，城际班次有24个班次。

3、站台面积规模不同：黄冈站建筑面积2500平方米，站台规模是2台2线；黄冈东站建筑面积4000平方米，站台规模是2台4线。