1、列车序号区别：福州站负责始发G字头高铁、普快、快速、直达特快列车及部分D字头动车组列车；福州南站负责始发和经停东南沿海铁路的D字头动车组列车及部分经合福高铁去往上海。

2、地方位置区别：福州站位于福州市晋安区华林路502号，是福建省客流量最大的火车站，现为一等站，全路十大客运区域枢纽站之一。福州南站位于仓山区城门镇胪雷村浦道街（浦头道）自然村。