1、在沸水中水熊虫是可以被杀死的，但是需要煮沸长一段时间破坏其荚膜。

2、此外如果是更高的温度，例如高温蒸汽或者明火炙烤都是可以将其消灭的。

3、水熊虫可以被病毒，细菌，真菌和掠食性线虫攻击，也可能受到物理破坏。