蟠桃的扁平形状是其基因所决定。在蟠桃的S位点下游，有一个1.7Mb大片段DNA的位置颠倒，此大片段染色体倒位只出现在蟠桃中。且倒位近端断点上游3.1Kb处，有个编码卵形家族蛋白基因PpOFP1，该基因在桃果实发育早期高水平，会抑制果实的垂直伸长，导致扁平果形的形成。