收款人和开票单位不同这个一般是不允许的，税务上要求对于收款和开票、发货、合同等保持一致，俗称三流合一或者四流合一。不过在实操中如果确实有发生代收代付款项业务的时候，建议准备好对应的三方或者多方的协议。