这两种保险是不一样的。主要区别在投保对象不同。新生儿医保是城镇居民医保，主要针对城镇户籍的居民，并且只能在户籍当地参保，由人社部门管理。农村合作医疗的参保对象是农村户籍居民，新农合医保是由卫生部门管理。从保险报销的角度看，新生儿医保的报销范围比农村合作医疗广，报销比例也要高一些。