大型民航飞机的厕所会在旅客按下冲水按钮后，通过真空装置将排泄物吸进飞机的废物容器内，当飞机到达地面后，再由专用的粪便收纳车辆将粪便集中收纳，再将污箱里的废物接入真空吸污泵站内进行处理，整个处理过程真空且无公害、无污染。

一些老式或小型的飞机在长途飞行时，一般会采用直排式处理方法来处理排泄物，这种排泄物的处理方法是通过打开飞机的排泄物处理口，将排泄物直接扔在太平洋和森林上空，这样处理的排泄物会在空中自由落体时就被分解。

需要注意的是飞机的吸污系统比较精致，如果有乘客把饮料瓶盖、塑料袋扔到飞机卫生间的马桶里，就很容易产生污物箱内堵塞的情况，这个时候想要进行排泄物的清理就需要用工具伸进污物箱排污口清理杂物，等异物被抠出来后才能进行清理。