霉菌的菌丝分为两类，即无隔膜菌丝和有隔膜菌丝。在固体培养基上，营养菌丝是伸入培养基内吸收营养成分的部分菌丝；生长向空气中的菌丝为气生菌丝、而气生菌丝发育到一定阶段，将会成为繁殖菌丝。霉菌的细胞壁的主要成分为多糖，低等霉菌为纤维素，高等霉菌为几丁质。这种区别可以用于霉菌的分类鉴定，细胞壁组分的分析是鉴定最重要的依据之一。霉菌的细胞壁可以被蜗牛酶消化，获得原生质体。