幼苗定植后，前期管理重点是降温、防雨，促缓苗，防徒长，保花保果。尽量加大通风量，使白天温度不超过30℃，晚间不高于20℃，第一穗果实开始迅速膨大前，严格控制浇水，及时中耕松土。单杆整枝，随时整枝、打杈、插架、绑蔓及摘心。及时喷防落素，促进坐果。

9月初，第一穗果进入膨大期，外界气温开始降低，要注意采取保温措施，夜间闭棚盖严薄膜，白天放风。棚内白天温度25-28℃，晚间15℃左右。当外界气温降到15℃以下时，要及早落膜关棚。当第一穗果实长到乒乓球大小时，开始浇水追肥，每亩追施人粪尿200-300千克或尿素20千克，或硫酸铵40千克。全生育期追肥2次。一般间隔7-10天浇1水，每次水量不宜过大，浇水后要加强通风，9月底后要控制灌水。

在第一穗果达到绿熟后，摘掉底部老叶、黄叶，加强底部通风透光，及时采摘红熟果实。在霜冻来临前，将全部果实采收、贮藏，以供应市场。秋大棚番茄至拉秧前，一般只能采收占总产量40%左右的红熟果实。未红熟的青果码在棚内铺好的稻草上，按层次码放2-3层，上面覆盖一层草苫防寒保温，贮藏期间的适宜温度为10-12℃，不宜低于80℃，每5-7天翻倒一次，将红熟果实挑出上市，清除病果、烂果。

秋棚番茄栽培常见病害有病毒病、灰霉病、叶霉病、早疫病等，虫害有蚜虫、白粉虱、棉铃虫等。