一是抑制光合作用，主要影响色素合成、破坏细胞膜、影响电子传递链等几方面。

二是抑制呼吸作用，导致植物呼吸功能散失。

三是干扰内源激素，扰乱杂草的生长和发育，导致杂草扭曲畸形。

四是抑制细胞分裂，减弱幼苗在土壤中正常生长发育而阻碍植物生长。

五是抑制脂肪酸合成，最终造成细胞膜、细胞质膜或蜡质生成受阻。

一、抑制光合作用

除草剂通过干扰光合作用的正常进行，从而影响色素合成、破坏细胞膜、影响电子传递链等几方面。除草剂只要抑制其中某一过程就可抑制光合作用，使之不能产生光合产物碳水化合物和三磷酸腺苷ATP，使植物饥饿而死。

二、抑制呼吸作用

有些除草剂可以渗入植物细胞线粒体的内膜，阻障植物呼吸系统的电子传递，从而破坏植物呼吸系统，导致植物呼吸功能散失，最终使植物生长中止和最终死亡。

三、干扰内源激素

有些除草剂可以作用于植物内源激素抑制植物体内广泛的生理生化过程，打破原有的激素平衡，扰乱杂草的生长和发育，导致杂草扭曲畸形。同时，干扰了杂草的正常生理代谢过程，诱导敏感植物细胞内生命活动暴增，细胞分裂加剧，导致植物生长异常，如茎弯曲、组织肿胀等，严重时可使杂草全株枯死。

四、抑制细胞分裂

除草剂对植物细胞分裂产生抑制作用，通过减弱幼苗在土壤中正常生长发育而阻碍植物生长，从而导致植物死亡。

五、抑制脂肪酸合成

除草剂抑制脂肪酸的合成，也就抑制了脂类合成，最终造成细胞膜、细胞质膜或蜡质生成受阻。有些除草剂通过抑制乙酰辅酶A羧化酶（ACC酶）来阻止禾本科植物体内脂肪酸合成，膜系统内含酯成分生成受阻，引起细胞结构的破坏，新生组织首先受害，出现新叶黄化、坏死。

六、抑制核酸和蛋白质的合成

有些除草剂能抑制核酸和蛋白质的合成，使相关酶（包括乙酰乳酸合成酶ALS、谷氨酰胺合成酶等）的合成受阻，细胞不能正常分裂，杂草的生长发育和代谢活动发生变异，生长停滞，杂草畸形，最终死亡。