蛤蚧入药可生用，或制成各种成药，但活蛤蚧不便运输和贮藏，所以需加工成蛤蚧干。

加工方法，将活蛤蚧置于地上，用锤子对准其脑门轻击一下，使其昏死，然后将蛤蚧的额部挂于加工台铁钉上，使其腹部朝上，左手握住蛤蚧，右手持尖头利刀，刀口向上，刀尖自泄殖孔向前直切喉前部皮下，也可用剪刀从肛门剪至喉前部。刀口或剪口线不直，加工出的蛤蚧切口边缘就不直，从而影响规格和质量。除净内脏，勿伤内脏，不需清洗，用两根细竹条，竹条的长度约相当于四肢向左右伸展的长度，分别插入前肢和后肢，将四肢展开，用两根约lcm宽的薄竹片高叉固定四肢的基部，使其挺直。用两根薄竹片，长度相当于前后肢内侧的距离，两竹片并排在一起在宽度约等于竹长度，下面一片后角修圆，将腹壁左右横撑开，以绷足为度，用一根长于全身的扁竹条，沿背部内面直伸到头腹皮下，再用棉纸条将尾和扁竹条捆成固定，以防尾折断。然后放入烘炉内烘干。检查蛤蚧于，如果成灰色，眼睛全陷入，尾瘪，用手指击头部有响声表示已经足干，待凉取出。将蛤蚧干按规格分大小等级，两条对合，用棉纸条扎尾，就成商品药材对蛤蚧。本药材容易生虫，需用硫磺熏过，贮藏木箱内。每隔一定时间需火焙一次，保持干爽，严防受潮。

1．炮制。生的去头、鳞片和内脏，直接入药或浸酒；干的切碎块浸酒；尾炙过研末入药。

2．蛤蚧酒制法①生泡法：将活蛤蚧洗干净，晾干水，剖腹去内脏，抹去血，用50度以上的白酒浸泡，每5千克(10斤)酒放5-6条蛤蚧，浸泡3个月。若每5千克酒配放当归、肉苁蓉、龙骨、大枣、川芎、白芷等中药各40克（8钱），或加当归40克（8钱）共浸泡，都可增加酒味和功效。少量浸泡，瓶装500克酒放蛤蚧l条，浸泡两个月，喝完后还可加酒浸泡第2次。②干泡法：将干蛤蚧用淡盐水洗去鳞和污物，切成小块浸泡，酒和蛤蚧比例和生泡法相同。