水中二氧化碳的主要来源是从水生动植物的呼吸作用和有机物分解而产生，其含量变化与氧气相反，它是白天少而夜间多。

二氧化碳溶在水中，能使水中氢离子浓度增加，使水的pH值降低呈酸性。二氧化碳过多，对鱼有毒害作用，一般二氧化碳超过60毫克／升时，鱼呼吸困难，超过200毫克／升时，便昏迷而死。在自然情况下，池塘中二氧化碳一般不易达到使鱼类麻痹致死的浓度。这种情况在用密封塑料袋进行长途运输时则有可能发生。

另一方面，游离二氧化碳过多，所形成的游离碳酸使水中的酸度增加，如水的缓冲能力不够，则能使水的pH值降至很低的程度，影响鱼类和其他水生生物的生存。