硝化细菌不需要特殊的接种培养，会在运转正常的水族箱附着物上自然生长出。在培养硝化细菌前必须为其准备表面积大而又多孔的附着物，并且附着物在水族箱总水体中占的面积约为整个水族箱的五分之一，在培养的同时还需保证有充分的水流经过附着物，不可形成死角，出现缺氧区。

在淡水水族箱中培养出硝化细菌只需1-2周时间，而在海水水族箱中却大约需要一个月，且硝化细菌在没有氨氮的情况下生长量很少，所以在培养硝化细菌时必须在水中添加氨氮，以刺激其大量生长。