1.棉花杆可以用来培养蘑菇。2.棉花杆可以用作燃料。3.可以用棉秆生产高密度纤维产品。4.棉花秆中的木质素被微生物分解并堆肥，可以获得良好的生物肥料。5.棉花杆可以用作牲畜饲料。
棉秆变为棕色或深棕色，湿时用手握柔软有弹性，干时易碎易断。分解后的堆身比刚堆的塌陷１／３或１／２。棉花秸秆肥一般用作基肥，湿润时可施，追肥时应覆土。棉花秸秆肥富含有机质，多种微量元素，是一种适用于各种作物和土壤的常用肥料，具有提质增产的作用。
将棉秆晒干，让其在短时间内快速蒸发水分，然后存放在干燥的地方，再用碱液煮沸，去除木质素后作为粗饲料。
棉花壳是一种理想的天然综合培养基，常用于栽培食用菌，生产食用菌后的棉花壳残渣中含有大量的菌丝体，是优良的饲料和肥料，也可作为沼气池的填料，沼液的残渣也是很好的肥料。