裸藻大量出现后，虽然本身没有毒素，但是数量增多会抑制生长。可以在白天多开增氧机，能减少裸藻的出现，也可以用复合芽孢杆菌抑制裸藻生长。或者也可以用杀藻类的产品，来达到去除大量裸藻的作用。裸藻的出现一般是因为用肥不当，所以平时不建议使用未发酵的有机肥。