水稻基腐病可以用的药有很多种，但主要是以杀菌的农药为主，比如有氯溴异氰酸、链霉素、嘧啶核苷抗菌素、菌克毒克、甲霜恶霉灵等药剂。其中甲霜恶霉灵在使用的时候，可以将它兑水800倍以后进行灌根，并且给它每5天使用一次，如果病情比较严重的话，还需要给它增加使用次数。