辣椒根系不发达，根较细，根量少，入土浅，茎基部不易产生不定根。移植时由于主根被切断，深度一般为25-30厘米，根群分布在10-15厘米的土层中。主根长出后，不断分权，形成一级侧根、二级侧根、三级侧根等。根系吸收肥水的能力较弱，不耐干旱和水涝，也不耐高盐分，对氧气要求严格。辣椒根系的木栓化较早，不易产生不定根，根系的再生能力较弱。

辣椒根系各部位的吸收能力是不同的，木栓化根只能通过皮孔吸水，吸水量很小，吸收作用主要由幼稚的新根和根毛进行，合成作用也是在新生根的细胞中最旺盛。因此，在生产中要注意促进根系不断产生新根，发生根毛。

辣椒根系对氧气的要求比较严格，它不耐旱，又怕涝，必须选择疏松、透气性良好的土壤，增施有机肥。定植的苗龄不能过大，采用养地苗的应在定植前囤苗，促进白色新根的发生和带土定植。育苗和移植过程中注意保护根系，这是辣椒早熟、丰产的重要环节之一。培育强壮的根系和育苗中保护好根系是获得丰产的基础。