扇贝的苗种运输，不论是船运还是车运，均不能用水运法，而应采用保持一定湿度的干运法。运输前要把扇贝苗用海水洗净，特别要洗净浮泥和杂贝。然后把海带草用海水浸泡，放在容器内的隔板上，隔板下留出15cm的空隙，以便排水。放一层海带草，放一层贝苗，最上层加盖草包皮。这种运输方法在2h以内不需泼水，超过2h途中要不间断地泼洒海水。

长途运输可用飞机，在气温高的情况下，可装泡沫塑料箱，箱底留5cm的空隙，放一块塑料隔板，隔板上铺lcm厚的用海水湿透的软泡沫塑料，上面放一层贝苗和一层湿泡沫塑料。如此叠放，可放5-6层，再把4个冰袋（蓄冷袋）救在湿泡沫塑料上，加盖后用胶布密封，并控制箱内温度在2-3℃，运输时间可长达24h，成活率达80%以上。