同水草一样，水绵、水网藻和湖靛同样是苗种的常见敌害。在池水较浅、较清的条件下极易生长水绵和水网藻；在富含有机质和含氮量高、pH值高、水温高的水体则易于滋生湖靛。

清除水绵、水同藻等丝网状藻类的方法较多，但要及早发现，及时清除和杀灭才有良好效果。

当池边可以看到少量丝状藻类时，可采用局部（池边）高浓度硫酸铜（大于0.7克／立方米）杀灭十分有效。当可以看到一定数量丝状藻类时，也可局部用高浓度硫酸铜杀灭或用草木灰撤在其上，同样有良好效果，而不造成对鱼、水质显著影响；当丝状藻类布满大部分水面时，药杀效果不佳，可通过人工捞取，或拉阿捞出，并结合局部药杀可收到较好效果。

控制水绵和水网藻等丝网状藻类的关键是要改变水质过于清瘦状态，即对池塘施用适量肥料，改变水的颜色，降低透明度，减弱光照强度，以抑制丝状藻类的生长。

至于湖靛，一般在高温季节，碱性水体和有机质过多的条件下，蓝藻（微囊藻等）形成绝对优势，附在泥层表面，在强光下产生气体呈块状浮出水面。蓝藻不断繁生，不断死亡，分解后产生有害物质（羟胺、硫化氢等），影响鱼类生长、甚至造成死亡。

这种水质非常顽固，长期不变，危害很大。一般通过大量换水、机械增氧，搅动水体和补磷或加施微生物菌肥和其他微生物制剂等多种途径进行水质的根本性改变，才能抑制其生长。此外，试验表明罗非鱼可以消化利用湖靛，所以可通过饲养罗非鱼控制湖靛生长。