1、蜂箱中棉虫危害较轻时要将旧巢脾全部换下来，同时要将蜂箱底部和内壁缝隙中的蜡屑清理干净，最后再给蜂群补入些新脾并确保蜂多余脾，若蜂群的群势太弱可从其他蜂群中抽调些幼蜂和封盖子脾，这样一来可依靠蜂群自身的护脾能力来清除棉虫。

2、蜂箱中棉虫危害严重时要将蜂箱搬离原来位置，然后在原蜂箱位置处放一个已严格消毒的新蜂箱，接着将原蜂箱中的蜂全部抖落在新蜂箱中，最后再从其他蜂群中抽调些子脾以促使蜂群重新恢复生产，另外还要在蜂箱中放巢虫清木片来预防再次复发。