生产实践表明，栽培草菇常常会遇到以下六个方面的问题，必须引起高度重视。
1．出现群菇
原因是料面播种量过大，会出现群菇。所以播种量宜控在0．2-0.3公斤／平米。
2．菌种老化
如果使用的母种是连续三次以上都通过子实体组织分离而来，而且保种不用专用培养基，转管培养次数多，培养种培养时间超过一个月，从母种到栽培种都见光培养，就会使菌种老化，生产力明显下降。
这类菌种用于栽培，产量不高，严重的连第二批菇都收不到。
为防止上述情况发生，在用子实体组织分离菌种时，最好选用幼龄菌蕾的菌褶作为分离材料，使用二年之后，就要改用多孢分离菌种一次，保种要用专用培养基或天然培养基。
3．温差过大
草菇在于实体发生期间，通风和喷水管理，都必须服从使栽培环境尽量维持恒温这个前提．急速的温湿差变化，会使小菇全部死亡。
所以通风只能缓缓进行，还要密切注意气候的突然变化，大风天严禁开窗通风。喷水时要注意使用的水，水温要与室温一致。否则不能使用．
4．培养料酸化
酸化的培养料，菌丝生长稀弱无力、无光泽感；子实体发生的既少又小、而且菌膜薄易开伞。同时还会发生大量的鬼伞菌。防止酸化的方法，除配制培养料时注意调好。
ph值之外，还应将播种后的水分管理用水，改为喷石灰水(1～3%)。
5．蹋料
过松的培养料，容易出现蹋料现象，而且还比较严重。易造成菌丝断裂，培养料变薄，出菇大量减少。所以，在建床和播种时，一定要注意将培养料压实。
6．病虫害
使用变质原料或培养料发酵、消毒等预处理不彻底，或在不卫生的场所栽培，都容易导致杂菌和害虫大量发生，使床面幼菇大量死亡、僵化腐烂或致畸形。
防止办法就是在做培养料前进行消好毒。
