1、申请渠道不同：支付宝ETC是从支付宝申请的，微信ETC从微信小程序上申请。

2、支付方式不同：微信ETC直接绑定微信钱包用于支付，支付宝ETC直接从支付宝中代扣过路费。

3、手续费不同：微信ETC没有手续费，支付宝ETC会收0.5%到1%的手续费。