1、征税对象不同
房产税是以房屋为征税对象，按房屋的计税余值或租金收入为计税依据，向产权所有人征收的一种财产税。契税是土地、房屋权属转移时向其承受者征收的一种税收。
2、发布时间不同
现行的房产税是第二步利改税以后开征的，1986年9月15日，国务院正式发布了《中华人民共和国房产税暂行条例》，从当年10月1日开始实施。契税，现行的《中华人民共和国契税暂行条例》于1997年10月1日起施行。在中国境内取得土地、房屋权属的台商投资企业，应当依法缴纳契税。
3、征收范围不同
房产税征收范围限于城镇的经营性房屋；契税是以所有权发生转移变动的不动产为征税对象，向产权承受人征收的一种财产税。应缴税范围包括：土地使用权出售、赠与和交换，房屋买卖，房屋赠与，房屋交换等。
4、税收形式不同
房产税区别房屋的经营使用方式规定征税办法，对于只用的按房产计税余值征收，对于出租、出典的房屋按租金收入征税。契税，是指对契约征收的税，属于财产转移税，由财产承受人缴纳。契税中所涉及的契约，包括土地使用权转移，如国有土地使用权出让或转让，房屋所有权转移，应该称为土地、房屋权属转移，如房屋买卖、赠送、交换等。
