1、原料不同：纳豆是以黄豆（又称大豆）为原料，与纳豆菌接种后经过高温发酵等多种工序制作而成。纳豆源于中国，纳豆传入日本后将其作为营养食品和调味品。纳豆类似中国的发酵豆、怪味豆。纳豆的保健功能主要与其中的纳豆激酶、纳豆异黄酮、皂青素、维生素K2等多种功能因子有关。

2、发酵区别：纳豆是由小粒黄豆经纳豆菌发酵而成的一种微生态、健康食品。纳豆独特的风味及气味，像极了腐败的食物。一般人，对于大豆腐败之后所造成的纳豆，无法忍受。黑纳豆在发酵过程中，微生物中的蛋白酶使原料大豆的蛋白质部分水解，故发酵成熟时，可使水溶性氮的含量提高，并使大豆的硬度下降，蛋白酶更容易与蛋白质接触水解产生一系列的中间产物，如胨、多肽、氨基酸等，这些低分子量的蛋白食入后，可以不再经过消化而直接为肠黏膜吸收。