办理流程分两种情况：

　　一、商业贷款银行是省级机关分中心、南京公积金中心共同的合作银行

　　按照先借款人后配偶、先公积金后补贴的顺序，每月提取公积金归还商业贷款。商业贷款银行只是南京公积金中心合作银行的，由南京公积金中心职工先签订协议，按照先南京公积金中心职工后省级机关分中心职工、先公积金后补贴的顺序，每月提取公积金归还商业贷款。

　　二、商业贷款银行只是省级机关分中心合作银行

　　由省级机关分中心职工先签订协议，按照先省级机关分中心职工后南京公积金中心职工、先公积金后补贴的顺序，每月提取公积金归还商业贷款。先提取人第一次执行委托逐月还商业贷款的时间从协议签订后次月的10号开始（如遇节假日顺延），后提取人执行时间从协议签订后次月的22号开始（如遇节假日顺延）。公积金中心将申请人缴存账户中相应金额划入职工登记的贷款还款账户。同一笔商业贷款在南京公积金中心和省级机关分中心存在多个协议的，按照上述原则提取。