正常月经周期运转中，卵巢分泌的性激素直接影响子宫内膜的周期性变化，当卵巢功能失调或有器质性病变时，卵巢分泌的性激素水平低落，子宫内膜就不再发生周期性变化，由此可能发生闭经。由卵巢功能失调或疾患造成的闭经，称卵巢性闭经。以下卵巢病变均会导致闭经：

先天性卵巢缺如或发育不全

先天性卵巢缺如或发育不全是导致卵巢性闭经的一种情况，例如:卵巢呈条索状无功能实体,或卵巢先天未发育，导致分泌功能不足甚至不分泌。

卵巢功能早衰

如果妇女40岁以前绝经，表现为继发性闭经，并伴有更年期症状，这就是卵巢功能早衰引起的卵巢性闭经。患者血内有对抗卵巢或促性腺激素受体的抗体，可能与自身免疫力有关。此外，卵巢组织分泌功能的不足也与卵巢功能早衰有关。

卵巢切除或组织受损

卵巢切除或组织受损也是导致卵巢性闭经的情况之一，双侧卵巢经手术切除或卵巢组织因放射治疗而被破坏，以致周期性变化功能丧失，表现为原发或继发闭经。此外，严重的卵巢炎症，也会因组织受损而致闭经。

卵巢功能性肿瘤

由于过量雄激素抑制下丘脑一垂体一卵巢生殖轴功能而闭经，或因持续分泌雌激素而抑制了排卵，使于宫内膜生长过长而出现肿瘤导致闭经。此类病人闭经多为暂时性的，可通过减少激素而逐渐缓解。