人类与生俱来就有一套完美的防御系统，那就是免疫力，帮助人体抵抗外来的入侵者。如果为了“预防感染”而给孩子过多使用抗生素，反而会弄巧成拙，可能改变免疫功能和神经系统。

易致肝肾受损

很多抗生素都是通过肝脏和肾脏代谢的，在其代谢过程中已经对肝、肾器官产生损害，而孩子体内的各种器官尚未发育成熟，更容易遭到抗生素的残害或潜在的残害，首当其冲就是肝、肾两个器官。另外，庆大霉素、丁胺卡那等容易造成儿童耳聋，环丙沙星等对孩子软骨有潜在损害，氯霉素则可导致骨髓抑制和儿童灰色综合征。

造成二重感染

如果在病毒感染早期，大量应用抗生素也可使体内菌群失调，有利于病毒繁殖，出现抗生素相关性腹泻，加重患儿病情；还会增加小孩对药物的过敏反应，导致小孩二重感染、真菌感染以及湿疹、哮喘等疾病。

过早用抗生素会增加幼儿患哮喘风险

许多研究证实，新生儿期和婴儿期应用抗生素可导致肠道菌群的改变，增加哮喘的发病风险。2011年1月，挪威科技大学公布的一份研究报告说，如果孩子在胎儿时期接触过抗生素，或者在出生后不久接受过抗生素治疗，那么他们日后患哮喘的风险可能增加。孩子过早接触抗生素有可能造成其肠道有益菌群被破坏，导致形成“不成熟”的免疫系统，引发过敏反应，从而提高患哮喘的风险。

出现耐药性

大量使用抗生素无疑是对致病菌抗药能力的“锻炼”，在绝大多数普通细菌被杀灭的同时，原先并不占优势的具有抗药性的致病菌却存留了下来，并大量繁衍。而且由于药物长期刺激，使一部分致病菌产生变异、成为耐药菌株。如果细菌出现耐药性，一旦生病，就会用更多的抗生素对抗致病菌，致病菌为了抵抗抗生素就会加速基因变异。

大环内酯类抗生素增加儿童哮喘和超重风险

大环内酯类抗生素会影响这些儿童的肠道菌群，扰乱儿童免疫系统，使其患哮喘等疾病的风险升高。另外，大环内酯类抗生素的总体使用量越大，儿童的身体质量指数（BMI）就越大，体重超重的风险也就越大。

可致营养不良

抗生素会影响肠道菌群，导致肠道内益生菌减少，会导致一些肠道疾病，影响营养的吸收，导致营养不良。

缺乏维生素K

因为维生素K是人体肠道益生菌合成，受抗生素的影响肠道内益生菌减少，所以维生素K也就随之减少。维生素K是凝血因子，其缺乏会导致易出血以及出血不止情况出现。

增加儿童1型糖尿病风险

抗菌药物在婴幼儿人群中的使用相当普遍，有研究显示抗生素的使用破坏了肠道正常菌群，增加了儿童1型糖尿病的发生风险。肠道菌群失调和菌群多样性的破坏也与T1DM的发生有关。

破坏儿童免疫力

抗生素杀死细菌的原理主要是通过模仿细菌所需营养成分的结构，让细菌“吃掉”抗生素，使其不能再获得其他营养，最后把细菌“饿死”。