真牡丹根系比较多，大多为肉质主根和侧根。假牡丹则根系比较少，甚至是萝卜根系。真牡丹枝干颜色比较深，假牡丹枝干颜色比较浅。假的牡丹花开出花朵没有真的牡丹花那样花色鲜艳美丽，香味浓郁。真牡丹花价格要比假牡丹贵很多。

一般来说真牡丹根系比较多，以肉质主根和侧根为主，最初根的颜色是白色，然后变成黄色或棕色，肉质为白或红色。若是假牡丹则根系比较少，有的甚至是萝卜根，分布根数较少。

我们可以从颜色上区别出真假牡丹花，例如真牡丹枝干颜色比较深，分枝是从根部产生的，而且是丛生的。而假牡丹枝干颜色比较浅，且枝干是独干，分枝是从主干上产生的。

我们可以通过观察花朵来分辨出真假，如果养到开花的时候，再辨别真假也来不及了，所以不太实用。假的牡丹花没有真的牡丹花花色鲜艳美丽，香味浓郁。

在市场上真牡丹花价格是比较贵的，比如说，秧苗可以在几十到几百株之间，而且每个品种的价格都不一样。而假牡丹花则价格相对比较低廉，仅仅只有几块或十几块。