1、Kane美国大兵Kane,已婚,妻子叫Lena。Lena是大学生物教授,细胞研究方面的专家。Lena也是一名战士,两人在参军的时候认识并相爱。外星颗粒坠落在美国海岸边的一座灯塔内,形成Shimmer,并且范围不断扩大。政府成立组织Southern Reach(后简称SR)将附近的居民迁移走,并开始派遣一波又一波的队伍进入Shimmer研究。同时,Kane因为长期外出执行军事任务,妻子寂寞难耐,出轨大学的同事“黑人叔叔”。这件事情没有瞒得住Kane,但是嘴上Kane并没有什么,只是默默的忍受,装作什么都没有发生。但是不由自主地对Lena越来越疏远。俩人的关系出现裂痕。Lena也知道Kane其实知道了这件事情,心中非常悔恨。终于,SR在一波又一波的派遣队之后,找到了Kane,并安排他跟其他大兵一起进入Shimmer进行第11次探索。Kane答应了任务——因为对妻子的背叛深深地伤害,所以心灰意冷,并不在意Shimmer中的危险,打算“自我毁灭”。以前每次执行任务,Kane都会告诉Lena是去哪里,做什么任务,但这一次,Kane什么都没有说就离开了。Kane跟战友们进入了Shimmer,发生了一系列的事情,其中有个战友发现自己的肠子在肚子里蠕动,Kane用军刀切开了他的肚皮,发现真的肠子会动。这一幕也用摄像机记录了下来,并将内存卡放在一个袋子里,等待后来的人发现。这个战友后来自己爆炸了,血肉铺满了一整个墙壁。其他战友也都死掉了,没有走出Shimmer。Kane历经艰险,终于来到了中心——灯塔。用摄像机拍下了奇异的画面。更诡异的是,在这座灯塔里,Kane被克隆了另一个自己出来,他整个人奔溃了。加上身体发生着奇怪的变化,痛苦不堪忍受。在身体和精神的双重折磨之下,他用磷弹自杀了。自杀的一幕,还有克隆出来的Kane02都被摄像机拍下来了。Kane02合上摄像机,然后走出了Shimmer,跟随自己的感觉,回了家……
2、LenaKane离开去了SR的探索之后,Lena还是会不定期地跟黑叔约会,但是随着时间的推移,丈夫一直没有回来。可能是死了,也可能是因为发现她的出轨不再回来。Lena变得越来越焦躁,到处打听自己丈夫的消息。同时,因为不断产生的愧疚感,打算跟黑叔断绝来往,弥补过错。黑叔找她参加聚会,她也不拒绝了。说要“重新粉刷房间”,“重新粉刷房间”意味着她逃避自己的出轨事实,让房间焕然一新,也许就不会回忆起这个事。刷房间的过程中,丈夫回来了,一脸懵逼,说不清自己“到底经历了什么”。丈夫突然吐血抽搐,Lena赶紧叫了救护车。送医过程中,被军方强制劫持。
3、神秘组织SR醒来后来到了神秘组织SR,心理专家告诉了Lena关于Shimmer的事情,她丈夫的状况是因为进入Shimmer之后出来所以才这样,目前正在救治,不确定能不能救好。Lena也在SR认识到了几个计划第12次进入Shimmer的女性,分别有医学专家、物理专家、地貌专家,还有心理专家。Lena为了救治自己的丈夫,弥补自己对他的亏欠,决定一同前往。其实都是心理专家下的套,她作为心理专家,知道Lena想要什么,SR需要一个生物学家和战士,Lena是很好的人选。Lena对除心理专家之外的人,隐瞒了Kane是自己丈夫的事情。
4、第12次探索5个人一起进入了Shimmer,发生了各种奇怪的事情,所有的科学知识好像都在这里不受用,匪夷所思。信号发不出去、奇怪的植物和动物……。他们推测,这是因为Shimmer将所有东西折射了,所以才出现了这么多紊乱的现象和东西。在一个基地里,找到了之前Kane和战友带过的基地,还有那个内存卡,看到了被“切腹”的战友。晚上,Lena查看自己的细胞,发现折射的推断是对的。地貌专家被熊袭击,拖走,她的一部分意识——最后死亡的恐惧,渗入了这只熊的大脑,可以发出“救我”的声音,这变成了它诱捕人类的技能!第二天,Lena发现地貌专家的尸体大家都身体发生的不同程度的奇异变化。Lena的左手上开始出现“咬尾蛇”纹身。有一个晚上,医学专家绑架了全部人,发现了Kane原来是Lena的丈夫,认定Lena是“死骗子”,地貌专家也是Lena害死的,因为她没有看到熊,也没有看到尸体。就在这时,外边想起了地貌专家的呼喊声“救我!”医学专家心想“咦?没死!”,然后冲了出去打算救人,结果被熊袭击了,死心理专家想赶紧治好自己的癌症,提前出发去灯塔。物理专家一直对生命不留恋,几度想自杀。现在身体也出现异样,决定顺从自然地死去。最后,只剩下了Lena……
5、灯塔Lena独自走到了灯塔,看了之前Kane留下来的视频内容,发现原来Kane已经死了,而之前看到的是克隆出来的Kane02。在被外星颗粒撞击产生的黑洞中,发现了心理专家,因为身体变异,她的眼睛已经消失了。也有说法是这是克隆后的她,眼睛还没有生成。我更相信是前者,因为如果刚克隆出来,原来的那个人应该还在,而克隆出来的人应该还是“一脸懵逼”的状态。所以这个眼睛消失的应该还是心理专家本人。她说,有个东西进入了她的身体,很快他就要湮灭了。随着一声“变~身~”,哦,不是,“湮灭”!心理医生化作了一团东西,这团东西吸收了Lena的血液,运用她的DNA克隆出了另一个Lena,Lena02刚刚出生,智力低下,跟着Lena蹒跚学步,Lena接近要崩溃了,她要杀掉这个自己。于是拿起了Kane没用完的磷弹,给了Lena02,心想“这个玩具很好玩的!”Lena02接过磷弹,“卧槽!起火了!”出于本能,想回到娘胎离去,结果把娘胎也一起烧掉了,Lena逃出Shimmer,回了SR的基地。
6、第六章:尾声SR基地的人询问逃回来的Lena,队伍在Shimmer中发生了什么,队友哪去了Lena说了以上的故事。当问到“它”目的何在时,再一次强调了它“没有动机”!Lena见到了Kane02,他的身体已经无碍。但他已经不再是他。