副巡视员和二级巡视员的区别是：1、等级不同：副巡视员为县处级正职领导职务或者调研员；而二级巡视员为厅局级正职。2、职务不同：副巡视员是国家公务员非领导职务；而二级巡视员是综合管理类公务员职级。3、职责不同：副巡视员的主要权力是监督巡视政府相关职能部门的工作情况，并向主管部门汇报并作出相应处理；而二级巡视员的职责是协助主要领导管理产品质量安全、机械化管理和事业发展等工作。