电视剧《黄金瞳》结局庄睿通过手术将脑部的黄金瞳取出,秦萱冰被警方抓获在狱中忏悔自己所做的错事,苗菲菲继续陪伴在庄睿身边,假死的德叔在小岛明子的帮助下成功逃脱。
《黄金瞳》电视剧与小说的部分剧情以及结局有很多不同的地方,在小说中,庄睿结局与秦萱冰在一起,还生了两个孩子,一家四口生活得十分幸福。而电视剧中,秦萱冰这个角色腹黑、阴险,因为做了很多违法的事情,最终受到了法律的制裁。苗菲菲的结局也不同,在小说中,苗菲菲没有和庄睿在一起,而是嫁给了暗恋自己的军官,但是在电视剧中,苗菲菲自始至终都陪伴在庄睿身边,而庄睿也非常感激苗菲菲的这份感情,两人也算是互明心意。