办理重大疾病证明流程有：办理人携带有效身份证件、医保卡以及相关就诊记录资料，到就诊医院的相关部门开具重大疾病证明。

拿到重大疾病证明之后，再携带身份证、医保卡以及医疗费用所有单据等到当地社保中心医保报销服务窗口，申请办理报销手续。